本系源於 1928 年臺北帝國大學理農學部「農業工學教室」之創設，經歷臺灣大學農業工程學系機械組(1945-1981)、農業機械工程學系(1981-2000)、生物產業機電工程學系(2000-2019)及今生物機電工程學系(2019-)四個時期。農機系設立後，隨著推進我國農業自動化發展，機電整合與電腦資訊開始導入農業機械教育。因全球農業轉型與生物科技崛起促成新興生物產業發展，又因機電整合特色之機械工程教育亦於本系扎根，學系遂於2000年更名為生物產業機電工程學系。最新進程為新系名「生物機電工程學系」，跟隨全球工業4.0發展推動具有人工智慧特色之第四代生機工程教育，肩負推進我國智慧農業發展與當代跨域生物機電工程人才培育之任務與使命。